После того, как главный злодей Шреддер был побежден главными героями, четырьмя черепашками-ниндзя Леонардо, Микеланджело, Рафаэлем и Донателло, его теперь нужно переместить в еще более охраняемую тюрьму. Инопланетный злодей Крэнг, живой мозг, живущий в гигантском киборге, использует это событие, чтобы освободить Шреддера, используя загадочное транспортное устройство. Оно телепортирует Шреддера в другое измерение. Там Крэнг обещает Шреддеру

Над Нью-Йорком нависла новая опасность. Местным жителям угрожает Шреддер и его могущественный Клан Футов. Он намеревается полностью захватить власть в городе, поработив местных жителей, включая представителей власти, сотрудников полиции и, конечно, обычных граждан. Противостоять ему намерены отважные черепашки-ниндзя. Легендарные герои уже успели проявить себя. Они не собираются сдаваться при виде нового врага. Многие ошибочно продолжают считать